文献整理について

これがオススメ。
Ref for Windows

ちょっと使いこなすまでに慣れが必要です。
雑誌論文、単行本、発表抄録などによって書式スタイルを使い分けできるので便利。英語も日本語も大丈夫。しかも、フリーウェア。

• 一般的な雑誌論文は、

A: T. S(Y).\n

• 単行本（編著者がいる場合）は、

A: T. (E{編}) B, P, S, O(Y).\n

• 単行本（単著の場合）は、

A: T, P, S, O(Y).\n

（Aが、著者。Tが、題目。Yは年度。。。）

といった感じで、自由に書式を決められます。

（ヘルプより）
Ref for Windows に向いている仕事

1. 論文を書くための文献の整理をする。特に文献数の多い本や総説などの執筆にはぴったりです。
2. インターネットで文献検索をする。その結果はMedline形式のダウンロードファイルとして容易に読み込むことができます。
3. 教室の業績集、個人の業績目録などを作成する。論文にかかわる人数が多く、かつ多岐にわたるほど有効です。
4. 多数の科学論文のハードコピー（ゼロックスコピー）やPDFファイルとして管理する。特に通し番号付きの管理に便利です。

Ref for Windows に向かない仕事

1. 少数の文献の管理。むしろエディターやワードプロセッサに記録する方が簡単。
2. 科学論文のデータそのものを必要とせず、検索のみを目的とする場合。最新の情報の検索のみが目的であれば、その都度 Medline などの商用データベースを参照すれば充分。

同じようなソフトに、GetARefもある。こちらはどうなんだろう。。。
http://www.varsitywave.co.jp/products/GetARef/